Корона-хроники: 23-24 ноября
Не так давно в Nature Communications вышла очень интересная работа коллективного авторства группы биоинформатиков. Они научились предсказывать истинное число заразившихся SARS-CoV-2, ориентируясь только на данные расшифрованных геномов, которые во множестве выкладываются в открытые базы. То есть буквально, глядя на буковки A, U, G и C, из которых составлены РНК-геномы коронавируса, ученые могут сказать: в Дании явно болело в 1,5 раза больше народу, чем утверждает официальная статистика…
Идея используемого учеными инструмента GINPipe проста до гениальности. Мы знаем, сколько времени коронавирус проводит в организме человека до момента, пока тот заразит следующего. (Это примерно 3-5 дней.) Мы также знаем, как быстро накапливаются мутации при размножении вирусных геномов. (С разными оговорками, это примерно постоянная величина.) А значит, степень отличия геномов должна коррелировать с общим числом людей, болеющих прямо сейчас. Чем их больше, тем больше будет отличий – и наоборот.
Как это работает
GINPipe загружает из баз данных все недавние геномы коронавируса. Каждый из них имеет штампик о времени взятия образца. Затем их сравнивают между собой и определяют количество отличий. И, наконец, на основании этих данных рассчитывается размер популяции, в которой вирус размножался, чтобы накопить столько отличий.
Ученые протестировали свой инструмент на реальных данных из разных стран. В результате они смогли не только восстановить динамику заболеваемости в прошедшие месяцы, но даже обнаружили несколько “микроволн”, не отраженных в реальной статистике.
…И почему это важно
Исследование особенно актуально в связи с повсеместным распространением быстрых антиген-тестов. В Европе это практика, успешно используемая с конца лета. И очевидно, что чем дальше, тем больше антиген-тесты будут вытеснять ПЦР, поскольку позволяют получить результат за несколько минут. При этом, хотя они обладают меньшей чувствительностью, регулярное их использование дает возможность выявить значительную часть всех зараженных. Ну и, кроме того, они выявляют тех, кто заразен прямо сейчас, что важно, например, при тестировании людей, собирающихся посетить какое-либо мероприятие.
С другой стороны, с антиген-тестами сложнее наладить оповещение о положительных результатах. Условно говоря, человек купил такой тест (в Германии они стоят в пределах 1,5-3 евро и продаются в супермаркетах), увидел положительный результат и остался на несколько дней дома. При этом он не стал сообщать об этом властям, потому что не хочет сидеть в карантине. Это плохо, но – будем реалистами – так поступают многие. Как бы то ни было, предложенный в новой работе инструмент позволяет определять реальное число заразившихся даже при наличии постоянных утечек
Leave a Reply